Nascido em Luanda, João Fernandes tem dupla nacionalidade, angolana e portuguesa. Formado no SL Benfica, estreou-se como sénior no Illiabum. Chegou ao Porto, para jogar no Dragon Force e seguiu para Barcelos antes de rumar a Ovar, para defender as cores da AD Ovarense, onde chegou às meias-finais do playoff na Liga portuguesa.

Poste com grande porte atlético, como se pede aos jogadores de zonas interiores, esteve no Sporting entre 2019 e 2023 e ajudou na conquista de sete títulos em quatro temporadas. Esteve as últimas duas épocas na UD Oliveirense e em 2025 regressou ao Pavilhão João Rocha.