Natural do Funchal, foi com o irmão mais velho que Fátima Pinto começou a dar os primeiros toques na bola. Aos 9 anos entrou para o Juventude AC onde foi capitã numa equipa de rapazes e até chegou a dividir o futebol com o triatlo. Em 2009 ingressou na equipa feminina do GD Apel mas foi em 2012 que viveu o momento mais marcante da carreira enquanto jovem jogadora. Com apenas dezasseis anos foi convocada pela primeira vez para a selecção nacional e integrou a equipa portuguesa de sub-19 no Campeonato da Europa de 2012. Embora sem noção real do que lhe estava a acontecer, fez o primeiro jogo por Portugal a titular num campeonato da Europa e foi a melhor em campo.

Em 2013 aceitou o convite do Ouriense, foi campeã nacional e estreou-se na Liga dos Campeões antes de emigrar para Espanha. O convite do Sporting CP surgiu em 2016 e Fátima Pinto não perdeu a oportunidade de jogar no clube do seu coração. De Leão ao peito juntou mais dois campeonatos nacionais ao seu currículo, acumulados às conquistas de três taças de Portugal e três Supertaças. Foi uma das seleccionadas para o Campeonato da Europa de 2017 e 2022, esteve também na primeira participação lusa num Mundial, em 2023 e estreou-se recentemente na primeira edição da Liga das Nações. Já tem mais de 80 internacionalizações pela equipa principal de Portugal e mais de 150 jogos de Leão ao peito.

Regressou a casa em 2023, após uma temporada no Deportivo Alavés e será a oitava temporada de Fátima Pinto ao serviço do Sporting Clube de Portugal.